O IPABHi tem como missão desenvolver estudos e pesquisas destinadas a viabilizar formas sustentáveis de uso dos recursos naturais em bacias hidrográficas com o objetivo de otimizar processos de preservação e conservação do meio ambiente e promover atividades humanas, econômicas e ambientais, orientadas ao desenvolvimento sustentável de uma bacia hidrográfica ou região.
Para cumprir essa missão, o IPABHi orienta as suas ações para três áreas principais:
1)
Capacitação de profissionais e público em geral para promover a disseminação dos conceitos e princípios de preservação e conservação dos recursos naturais e aprimorar a gestão de bacias hidrografias.
2)
Execução de projetos que visem implementar ações de ordenamento territorial, recuperação de mananciais hídricos, aumento da quantidade de água produzida naturalmente, melhoria da qualidade das águas superficiais e subterrâneas, aumento da cobertura vegetal de áreas protegidas por lei, manejo de florestas (naturais e cultivadas) e conservação do solo.
3)
Condução de pesquisas voltadas para o monitoramento de parâmetros hidrológicos, hidrogeoquímicos e meteorológicos; de fatores sócio-econômicos; de processos florestais, agrícolas e ecológicos; e de processos naturais ou não decorrentes de intervenções conservacionistas implementadas em bacias hidrográficas.