- Desenvolvimento de estudos e pesquisas destinadas a elaborar, testar, avaliar e implementar estratégias que viabilizem formas sustentáveis de uso dos recursos naturais no contexto de bacias hidrográficas. Principalmente aqueles relacionados com fatores que determinam a qualidade e a quantidade de água na bacia. Dessa forma o IPABHi busca otimizar processos de preservação e conservação do meio ambiente e promover atividades humanas, econômicas e ambientais que estejam pautadas nos princípios do desenvolvimento sustentável.

- Implantação de programas e produtos destinados à capacitação de técnicos, estudantes e público em geral por meio da educação a distância e de cursos semi-presenciais. E a disseminação de conhecimento por meio da editoração de publicações científicas e educacionais que agilizem a transferência de conhecimentos a cerca dos conceitos e princípios de preservação e conservação dos recursos naturais e de desenvolvimento sustentável para aprimorar a gestão de bacias hidrografias.

- Fomento e implantação de intervenções no meio físico que promovam o ordenamento territorial, a recuperação de mananciais hídricos, o aumento na quantidade de água produzida naturalmente, a melhoria da qualidade das águas superficiais e subterrâneas, o aumento da cobertura vegetal sobre áreas prioritárias, o manejo de florestas naturais ou cultivadas e a conservação do solo em bacias hidrográficas.

- Execução de programas de monitoramento de parâmetros hidrológicos, hidrogeoquímicos e meteorológicos, de fatores sócio-econômicos e de processos florestais, agrícolas e ecológicos que permitam conhecer a evolução (negativa ou positiva) ao longo do tempo de processos antrópicos e naturais associados às atividades humanas, aos processos naturais e às intervenções conservacionistas implantadas em bacias hidrográficas.